当今使用的巴氏杀菌程序种类繁多。“低温长时间”(LTLT)处理是一个间歇过程,如今只被小型乳品厂用来生产一些奶酪制品。“高温短时间”(HTST)处理是一个“流动”过程,通常在板式热交换器中进行,如今被广泛应用于饮用牛奶的生产。通过该方式获得的产品不是无菌的,即仍含有微生物,且在储存和处理的过程中需要冷藏。“快速巴氏杀菌”主要应用于生产酸奶乳制品。目前国际上通用的巴氏高温消毒法主要有两种:一种是将牛奶加热到62-65℃,保持30分钟。采用这一方法,可杀死牛奶中各种生长型致病菌,灭菌效率可达97.3%-99.9%,经消毒后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等,但这些细菌多数是乳酸菌,乳酸菌不但对人无害反而有益健康。第二种方法将牛奶加热到75-90℃,保温15-16秒,其杀菌时间更短,工作效率更高。但杀菌的基本原则是,能将病原菌杀死即可,温度太高反而会有较多的营养损失。